房地产开发纳税人采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，根据相关规定要预缴增值税和预征土地增值税，但二者在政策和操作上存在较多差异。
预售时的差异
首先是预缴（征）计税依据的差异。增值税预缴方面，根据《房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法》（国家税务总局公告2016年第18号）规定，房地产开发纳税人采取预收款方式销售
自行开发的房地产项目，应在收到预收款时按照3%的预征率预缴增值税，应预缴税款=预收款÷（1+适用税率或征收率）×3%，则预缴计税依据=预收款÷（1+适用税率或征收率）。
而根据《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（国家税务总局公告2016年70号）规定，房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产项目的，可按照以下方法计算土地增值税：土地增值税预征的计征依据=预收款-应预缴增值税税款。
结合应预缴增值税税款的计算公式，对于简易项目，土地增值税预征的计征依据=预收款-应预缴增值税税款=预收款-预收款÷（1+5%）×3%=预收款÷（1+5%）×1.02，比预缴增值税的预缴计税依据比例大2%；对于一般项目，土地增值税预征的计征依据=预收款-应预缴增值税税款=预收款-预收款÷（1+10%）×3%=预收款÷（1+10%）×1.07，比预缴增值税的预缴计税依据比例大7%。
例如， a房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产老项目取得了10.5亿元的预收款，采用简易计税，此时增值税预缴依据为10亿元[10.5÷（1+5%）]，土地增值税预征依据为10.2亿元（10.5-0.3），相应预缴增值税0.3亿元（10×3%），预征土地增值税0.306亿元（10.2×3%）。
其次是预缴（征）范围的差异。增值税方面，只要是采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，均需预缴增值税。对于土地增值税，根据《土地增值税暂行条例实施细则》第十六条规定，纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补，具体办法由各地税务部门根据当地情况制定。
最后是预缴（征）率的差异。采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，预缴增值税的预缴率一律为3%。土地增值税预征率则并不唯一，存在地区和不同类型房地产之间的差异。《国家税务总局关于加强土地增值税征管工作的通知》（国税发〔2010〕53号）要求科学合理制定预征率，除保障性住房外，东部地区省份预征率不得低于2%，中部和东北地区省份不得低于1.5%，西部地区省份不得低于1%，各地要根据不同类型房地产确定适当的预征率。
交房时的差异
预缴增值税的房地产应按适用税率或征收率计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后申报纳税，此时计算当期应纳税额的计税依据与预缴增值税的预缴计税依据是一致的。
如上例，在交房时增值税应纳税额0.5亿元[10.5÷（1+5%）×5%]，抵减预缴增值税0.3亿元，补缴应纳税额0.2亿元（0.5-0.3），计税依据和预缴计税依据均为10亿元。
因增值税已经确认收入，故此时原先的预收款10.5亿元中，已经含了0.5亿元的增值税。根据《财政部、国家税务总局关于营改增后契税房产税土地增值税个人所得税计税依据问题的通知》（财税〔2016〕43号）及国家税务总局2016年70号公告文件规定，营改增后，纳税人转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税。就上例而言，在交房时点，原土地增值税预征依据含了0
.2亿元的增值税，理应把此部分增值税从预征依据中剔除，也就是说要对土地增值税预征收入进行调整或进行负数申报。当然在税务部门未对此予以明确之前，纳税人应谨慎合规操作。
清算后的差异
土地增值税实行先预征后清算的制度，清算后预缴增值税与预征土地增值税的差异主要有两方面：
第一，“多退少补”规定不同。《土地增值税暂行条例实施细则》明确，清算后多退少补，即预征土地增值税超过清算应纳税额的，可以退税。对于增值税预缴税款，国家税务总局公告2016年第18号仅是规定未抵减完的预缴税款可以结转下期继续抵减，但没有规定可以退税。对于预缴（征）性质的税款，从原理来讲更多的属于纳税人在最终应纳税额不确定的情况下考虑税款入库均衡预先缴纳的税款，应允许纳税人“多退”，在存在预缴（征）税款的税种中如土地增值税、企业所得税等税种中也是采用这种“多退少补”的方式，建议税务部门应允许纳税人“多退”。
第二，预缴（征）截止期限不同。对于增值税，是否预缴与采取的销售形式有关，只要采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，就需要预缴，与房地产是期房还是现房无关。土地增值税清算后由于成本等已经确定，已不存在预征的基础，所以清算后的收入一般都要求直接纳税申报，不再预征土地增值税。
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