交易费用是新制度经济学的基本概念，科斯提出这个概念分析制度并比较不同的交易形式或制度安排，这是有新意的。但笔者认为，科斯虽然提出了交易费用这个概念，但他对交易费用的理解其实是有问题的。
交易费用概念有两种理解，一是认为交易费用是单个个体由于“交易活动”而产生的费用，如签订合约，讨价还价等产生的费用，这种理解是狭隘地理解了“生产”，即人为地把交易和生产分开，其实交易本身也是一种生产活动，都是为了实现某个目标而产生的人的行动。交易和生产的区分只是经验层面的。另一种是把交易费用理解为制度（如市场或企业）运行的费用。下面主要探讨后者。
按照科斯，市场存在交易费用，有交易就有交易费用，交易活动多则交易费用高。根据这种观点，经济发达国家交易费用很高，而没有什么交易的国家交易费用反而低，如韩国的交易费用反而比朝鲜高，这背离了常识，也使交易费用这个概念就失去意义。实际上，如此理解的交易费
用变成了“产出”概念，即已经不是一个“费用”概念，而是“产出”概念。
我们不能把正常的经济活动都视为交易费用。交易费用应该理解为交易受到阻碍产生的费用，克服这些阻碍就是降低了交易费用。如马云的支付宝降低了交易费用。企业家的行动是降低交易费用的。下面将强调，交易费用是限制企业家的活动，如干预市场才产生的。对企业家行动限制得越多，交易费用越高。当交易因此而减少时，交易费用就增加了。
科斯认为市场本身就存在交易费用，组织替代市场降低了交易费用。不同的交易形式，如组织或市场有不同的交易费用，根据交易费用的大小，选择不同的交易形式，这个交易费用是局外人（经济学家）可以计算出来的，经济学家根据计算出来的交易成本大小，选择最小的交易形式。这是新古典经济学的方法（最大化计算），选择不同的交易模式，就是对交易成本高低的计算。另外，这是给定约束条件下的成本收益分析，也是对孤立的个体而言的最大化分析，而社会是无数个体构成的，分析单个的个体不等于对社会的分析。所以科斯的“社会成本”分析其实是没有“社会”的。
这一点还体现在科斯没有把市场交易和单个个体的交易加以区分，他从单个个体的交易跳跃到市场交易，认为单个个体的交易有交易成本，所以市场的交易也有交易成本，因此，组织替代市场是降低交易成本的结果，但这里，不能把单个交易等同于市场，组织替代的是单个个体的交易活动，而不是整个市场的交易活动，事实上，组织是市场的一部分。组织对单个交易的替代，不是对市场的替代。
科斯把讨价还价，签订合约等等与交易相关的支出视为交易费用，而这些支出是正常的经营活动本来就会发生的。如签订合约对商家来说是“费用”，但对帮助商家的律师来说就是“收入”。还比如，广告或中介不是增加而是降低了交易费用。我们不能从局部（如商家）的角度去看整体，即把个体的费用视为一个社会的交易费用。
另外，单个个体在选择交易的形式，如市场购买或内部组织时，他只从自己的成本收益考虑，他不会区分那究竟属于“交易的成本”还是属于“生产的成本”。科斯把个体的“交易成本”单独拿出来，并把它等同于市场的交易费用，这种跳跃是不能成立的。实际上，交易成本总是个体的（因为只有个体能够做出选择），不存在“市场的”交易成本。
科斯把交易费用概念引入，为的是说明不同交易形式（市场或企业）之间的选择，那种交易费用更低的交易形成会被选择。然而，成本是对当事人而言的，他的选择产生他的成本，或者说，成本是当事人的成本，不是经济学家眼中的成本，经济学家不能替当事人计算交易费用。我们无法比较不同交易形式的“成本”，或者说，不能假装知道当事人的成本，用自己的目标代替当事人的目标。
如科斯定理，即“假如没有交易费用，那么不同的制度安排，其结果是相同的”，这是假设了一个没有摩擦的世界。是的，科斯认为真实世界有摩擦，但要知道，真实世界本身就是有各种经济活动（交易形式）存在的，所以，这不是摩擦，而是世界本来就是如此。没有这些摩擦（科斯说的交易费用），就是一个白茫茫的世界，一个没有人的行动构成的世界。科斯虚构了一个无摩擦的世界，一个没有人类行动的世界，然后把这样的世界作为参照对象，认为真实世界有人类活动，有制度运行，所以存在交易费用。下面将指出，他把这样一个虚构的世界作为参照对象是弄错了。
维护秩序，保护产权所产生的费用不能被认为是交易费用，如纳税人为此而缴纳的税不属于交易费用。超出正常的维护秩序范围，为了其他方面的目的而产生的支出才是交易费用，如前苏联为了自己的统治而实施的那些制度所产生的支出，以及造成的潜在损失，如对创造性的压制，可以被视为交易成本。所以，计划经济的交易成本是最高的。但按照科斯的理论，计划经济因为没有交易，交易成本反而低。科斯认为市场产生交易费用，而我们认为市场是降低交易费用的，使更多的交易发生，其实是降低了交易费用。当交易因为某种人为的原因不能发生时，才是产生了高昂的交易费用。或者说，那种压制企业家行动的制度交易费用高，如朝鲜的交易费用应该是比韩国高得多。
所以，交易费用不等于制度运行的费用，或者说，并不是所有的制度都产生交易费用。只有那些限制企业家发挥才能的制度才产生交易费用，而那些保护产权，维护秩序的制度是降低交易费用的。新制度经济学没有区分这两种制度安排。真正应该比较的不是不同的交易形式（市场还是企业），这只是一个经验层面的问题（即不是经济学问题），而是不同的制度，它们究竟是限制还是促进企业家才能的发挥的，这是有意义的制度比较，也是经济学可以回答的。
新制度经济学假设人是机会主义，有道德风险的，制度的作用是防止机会主义和道德风险产生的损失，而这种制度的运行有成本，这种成本被称为交易成本。而我们对人的假设与之不同，我们认为人是有创造性的，一种制度如限制了人发挥创造性，使得本来可以创造的财富没有创造出来，那么这就是该种制度的交易成本。这是一种
“机会成本”视角的交易成本概念。
所以交易费用的参照对象不应该是无摩擦的世界，应该参照自然法和一般性法则。由于背离这些法则而产生的社会财富的“潜在损失”才是“交易费用”。正确理解交易费用，需要改变参照对象，这一改变也意味着视角从傍观者（经济学家）切换到当事人，当当事人能够更好地发挥企业家创造性时，就是降低了交易费用。科斯提出交易费用这个概念，是了不起的创新，但某种程度上只是补充了新古典经济学，它对人类制度的改善，文明的推动没有起到很大的作用，这是一个遗憾。
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